O Rikudou Sennin, querendo paz no mundo ninja, deixou 2 filhos como herdeiros para a sua missão: Uchiha Madara e Senju Harishama. Uchiha Madara nasceu com os olhos do pai, o Sharingam, e teve um chakra extremamente poderoso, e uma grande energia espiritual.  Senju Harishama nasceu com o corpo do pai, e ganhou energia física e vital. Como Rikudou Sennin escolheu seu filho mais novo para ser o herdeiro, Senju Harishama. Uchiha Madara não aceitava isso, então começa a rivalidade e ódio entre os dois irmãos. 

Aburame

 Podem controlar vários tipos de insetos, além de serem respeitados mundialmente. Os insetos são inseridos quando o hospedeiro ainda é pequeno. O inseto se alimenta de chakra e em troca faz o que o hospedeiro mandar. Pode envenenar ou paralisar o oponente, assim como pode retirar o veneno do corpo de si mesmo ou de outros shinobis, injentando os insetos nele. Também podem rastrear algo.

Akimichi

Todos do clã parecem acima do peso, para poder executar jutsus utilizando essa vantagem. Com isso, eles podem aumentar o peso, ou aumentar o tamanho e ficar gigante. Também pode aumentar parcialmente, como os braços e as pernas. Também existem as pílulas Akimichi, que, se um membro tomá-la, transforma toda sua gordura em chakra

Hatake

Pouco conhecido, invoca cães para a batalha. Somente Hatake Sakumo, o canino branco de Konoha, e Hatake Kakashi, conhecido como copy ninja, são conhecidos no clã. Foi visto, que Kakashi invoca os cães por pergaminhos, usando o elemento doton, eles correm por debaixo da terra, encurralando o inimigo.

Hyuuga

Dividido em dois membros, a família principal e a família secundária. O dever da família secundária é proteger a qualquer custo a família principal. O 2º ramo tem um selo na testa, para impedir que queira se vingar da família principal. Se um membro da família principal quiser, pode causar uma enxaqueca num mebro do 2º ramo.  Possui o Byakugan, uma Kekkei Genkai,  que permite ver a vários metros, parecido com visão raio-X.

Inuzuka

É um clã respeitado, e usa cães ninjas. Ele ganha o cão quando ainda é criança, e aprende a se comunicar e lutar juntos. O cão pode se transformar no dono, usando jutsus em conjunto, como o Gatsuuga. Também usam pílulas de soldado, que aumenta a força dos dois.  Possui o nariz 5x (ou mais) mais aguçado. Pode sentir cheiros em um raio por volta de 5km. Pode ficar com os dentes afiados, e andar que nem quadrupedes, e as unhas crescem, parecendo um cão. 

Kaguya

O clã Kaguya, era um poderoso clã no país da Água. Era um clã suicida, que entrava em guerras praticamente impossíveis de vencer. Sua extinção se resume em uma guerra entre o clã Kaguya e o país da água todo, no que somente Kimimaro sobreviveu. Devido a sua Kekkei Genkai, Shikotsumyaku, a capacidade de manipular os ossos do corpo inteiro, eles se tornaram fortes, além de poder regenerar os ossos e criar mais quando quisesse. Mas, havia um limite, terá a possível chance de ter um tipo de tuberculose.

Koori

Outro clã do país da Água, que possuia a Kekkei Genkai de congelar a água, usando o Fuuton e o Suiton, para criar o Hyouton, e também poder criar agulhas de gelo, espelhos, etc. Haku despertou essa habilidade quando viu sua mãe ser morta pelo seu pai, pois todos do país estavam com raiva dos herdeiros da Kekkei Genkai, achavam uma ameaça para a raça humana. Então Haku teve ódio de sua família, matando todos com seu novo poder.

Nara

Não é famoso, nem grande, mas possui técnicas úteis. O hijutsu de fazer a sua sombra estender até se juntar a sombra do inimigo, assim controlando-o. Mas há um limite, por isso os membros do clã Nara são inteligentes e estratégicos. Também podem enforcar com o Kage Kubi Shibari no Jutsu, fazendo aparecer uma mão amarrando o corpo do oponente e assim enforcando-o.

Senju

Um dos clãs mais poderosos que já existiu. e o seu lider era Senju Harishama (Shodaime Hokage). Konoha foi criada com a aliança do clã Senju e o clã Uchiha. Por problemas políticos, surgiu uma rivalidade entre o clã Senju e o clã Uchiha, assim que, Senju Harishama e Uchiha Madara se enfrentaram, e que Madara forjou sua morte. Possuem o doujutsu de manipular o Doton e o Suiton para criar o Mokuton (madeira).

Uchiha

O clã Uchiha, também um dos clãs mais fortes que já existiu, possui o doujutsu sharingan, que permite ver a circulação de chakra, e copiar jutsus, além de poder acompanhar coisas que acontecem muito rápido. O líder, Uchiha Madara, despertou o mangekyo sharingam, e se tornou o líder do clã. O doujutsu possui 3 níveis. Somente herdeiros do clã Uchiha possui o doujutsu. Também pode ocorrer que algum shinobi médico transplante o olho de um uchiha para uma pessoa comum, como é o caso de Hatake Kakashi e Uchiha Obito. O clã foi aniquilado por um membro do mesmo,  Uchiha Itachi, que foi mandado por Konoha para exterminar o clã, mas deixou somente Uchiha Sasuke vivo.

Uzumaki

Um clã extinto da 3ª guerra ninja mundial, que era do país do Redemoinho, e o único sobrevivente até agora é Uzumaki Naruto. Uzumaki Naruto não sabe da existência do clã, já que nasceu em konoha, devido Uzumaki Kushina ser a única sobrevivente do incidente.

Kamizurui

É outro clã que manipula insetos, só que do país da pedra. Tem uma rivalidade contra o clã Aburame, já que foram os supostos responsáveis pela queda de fama do clã, e querem revanche. Tentam capturar o Bikouchuu, para rastrear o pergaminho do 1º Hokage, para alcançar a fama novamente, mas são interrompidos por Hyuuga Hinata, Aburame Shino, Inuzuka Kiba e Uzumaki Naruto, que também vão atrás do Bikouchuu para rastrear o cheiro de Sasuke. Os usuários do clã Kamizurui geralmente manipulam abelhas e besouros.

Yamanaka

Possui técnicas de controle do corpo do oponente, ou paralisá-lo, assim como invadir e tomar posse de seu corpo, ou penetrar na mente do mesmo. É um clã famoso, devido as suas habilidades, principalmente nas guerras, para conseguir informações necessárias. Também trabalham bem com veneno, e tem uma loja de flores em Konoha.