Chakra é a energia vital responsável de executar ninjutsus e genjutsus. Se o chakra de uma pessoa esgota, ela fica exausta. Para usar chakra em um jutsu, basta converter stamina em chakra, e assim usá-lo. A natureza do chakra pode ser Katon (fogo), Suiton (água), Doton (terra), Raiton (raio) e Fuuton (vento). Existe mistura das naturezas, geralmente por Kekkei Genkais ou bijuus.

Hyouton (gelo) = fuuton + suiton

Shouton (cristal) = fuuton + suiton = hyouton + doton

Youton (lava) = doton + katon

Mokuton (madeira) = doton + suiton

Yuugeton (vapor) = suiton + katon

Suna (areia) = doton + fuuton

Tenketsu

Tenketsu são pontos por onde passam chakra. Somente alguns membros do clã Hyuuga podem vê-los. Eles tem a capacidade de fechar até 128 pontos.