As missões servem para a vila ganhar dinheiro e estabelecer a amizade e a aliança com as outras nações. As missões possuem rankings, que são dividios para dispor aos ninjas de alto nível e aos ninjas de baixo nível. 

Rank-D

São para gennins inexperientes, que se resumem em cuidar de bebês, limpar partes da vila, capturar animais, coletar ervas, etc. A recompensa é um pouco baixa, que gira em torno de 5.000 ryous. Numa missão rank-D não existe lutas. São apenas para adaptar os shinobis recém-formados na academia a realizar missões. 

Rank-C

Missões para gennins experientes ou chunnins, que na maioria das vezes são escoltas para sair da vila e deixar a pessoa aonde quiser. São para desenvolver os ninjas em missões mais complexas para conhecer outras vilas, etc.  A recompensa gira em torno de 30.000 ryous.

Rank-B

São para chunnin experientes ou jounnins.  Envolve combates corpo-a-corpo, assassinato, com pessoas de nivel médio, etc.  Também podem servir de escolta, mas, envolvendo combates em proteger pessoas. A recompensa gira em torno de 80.000 ryous.

Rank-C

Missões para jounins ou para ANBU's, e até ao kage. São de muito alto nível, que envolvem assassinatos a pessoas superiores a rank-B no bingo book. A recompensa gira em torno de 100.000 ryous.

Rank-S

Missões de altíssimo nível, que servem para escoltar pessoas de muita importância, ou espionar shinobis de rank-S no bingo-book. Ou uma missão envolvendo a Akatsuki, ou missões também envolvendo guerras. Tem relação a vários países. A recompensa gira em torno de 1.000.000 ryous.