Os níveis ninjas (como o nome já diz), serve para distinguir os ninjas, tendo cada um seu nível de habilidade. Os níveis ninja são: estudante da academia, genin, chunin, jounin, jounin especial, anbu, sannin e kage. Algumas pessoas podem ter nível de sannin, mas é genin, como Naruto. E alguns possui técnicas para ser jounin, mas é chunnin, como Sakura.  Para ser um gennin precisa passar no teste da academia, e para ser chunnin, precisa completar o difícil exame chunnin. Por este motivo Naruto não é sannin. 

Estudante da Academia

Onde todos os shinobis começam. Lá, eles são treinados por um sensei. Aprende primeiramente o controle do chakra, depois aprende técnicas básicas, como o Kawarimi no Jutsu, o Henge no Jutsu e o Bushin no Jutsu. Naruto repetiu a academia duas vezes, e quase repete a terceira, se não aprendesse o Kage Bushin no Jutsu. Geralmente o teste para virar genin é o Bushin no Jutsu.

Gennin

Após completar com êxito o teste da academia, o shinobi recebe seu hitatiate, que prova que o mesmo é um shinobi, mas um shinobi de baixo nível, e já pode completar missões Rank-D. São dividios em grupos de três, sendo treinados por um jounin. Quando a equipe completa 8 missões Rank-D ou outro nível, já pode executar o chunin shiken.

Chunnin

Após completar o dificílimo exame chunnin, o shinobi é avaliado, e pode ser reprovado ou não. Pode executar missões Rank-C, ou até missões Rank-B, se o shinobi for muito experiente. Também já pode ser professor da academia ninja, e também treinar outros ninjas. Também pode ser examinador do Chunin Shiken. São shinobis de nível médio.

Jounnin

Já são capazes de ser professor de um grupo de três genis, já que são shinobis de nível alto. Executam missões Rank-B e Rank-A. Podem executar jutsus mais complexos. Também pode ser guarda-costas do kage, e também ficar vigiando a fronteira da vila. Também pode haver jounins ou chunins no trio que um jounin é lider, mas começaram como genins no trio. 

Jounnin Especial

São jounins fundamentais para algumas missões, pois possuem algum tipo de técnica especial, ou possui muitas informações do inimigo. Morino Ibiki é um jounin especial, pois é um mestre no interrogatório, obtendo informações complexas. Outra jounin especial é Mitarashi Anko, que, por ser aluna do Orochimaru, tem conhecimento das técnicas dele e informações dele.

ANBU

ANBU é um nível para jounins que obtêm êxito na maioria das missões, sendo missões de assassinato, escolta para pessoas importantes, etc. São subordinados diretamente ao kage, e também possui um nível maior que o jounin. Uchiha Itachi se tornou um capitão ANBU com apenas 13 anos. Não possui equipe, apenas grupos selecionados para as missões.

Nukenin

São shinobis fugitivos de sua respectiva vila que não possui certo nível ninja. Ás vezes fogem em busca de poder, ou às vezes fogem para outra vila, etc. Kira Hachi não fugiu da vila, mas não fica em Kumogakure no Sato.

Sannin

Nível muito alto de um shinobi, e esses são os melhores indicados a ser kage. As pessoas que são consideradas sanin, como Orochimaru, Tsunade e Jiraya, que, ao lutar com Hanzou da Salamandra, o líder da vila oculta da chuva, foram nomeados os 3 sannins lendários por ele. 

Kage

É o líder da vila. Também o mais forte shinobi da vila, que executa missõs Rank-A e Rank-S. Ele tem o direito de mandar assassinar tal pessoa, e indica as missões aos shinobis. Também tem o direito de eleger qual será o próximo kage da vila.