Chakra é a energia fundamental para executar jutsus. Existem vários tipos de chakra.
Chakra Normal
O chakra que todos os ninjas tem. Tem cor azul. Esse tipo de chakra é bem limitado. No mangá, é dito que tem a cor amarela. A quantidade de chakra que uma pessoa tem varia. Kakashi diz que Naruto possui três vezes o seu chakra, sem contar com o da Kyuubi. Em relação a isto, podemos ver que Naruto nunca sofreu perda de chakra numa luta, a não ser contro o Neji, que havia fechado seus tenketsu.
Chakra da Kyuubi
Esse chakra é usado por Uzumaki Naruto quando ele passa a usar o chakra da Kyuubi. Esse chakra pode ser usado para o Shousen no Jutsu, pois ele cura, mesmo sem Naruto estar usando seu chakra, os ferimentos de Naruto. Quando Naruto passa a usá-lo, um manto laranja cobre ele, e uma cauda aparece. Quanto mais caudas aparecem, mais forte Naruto fica. Naruto pode usar o chakra para esticar o manto, usando como um membro de seu corpo. Quando Naruto atinge a quarta cauda, ele fica com um poder imenso, perdendo a pele, e para ele, não há diferença entre amigos e inimigos, além de já poder usar o Bijuu Rasengan. Esse chakra é considerado infinito.
Chakra do Selo Amaldiçoado
Quando a pessoa libera o Selo Amaldiçoado nível 1, possui acesso ao chakra do Orochimaru. Orochimaru também usa esse tipo de chakra. Possui cor roxa. Sasuke, sempre que esgota seu chakra, ativa seu selo para ter acesso ao chakra roxo do selo amaldiçoado.
Chakra Medicinal
Esse chakra é usado para o Shousen no Jutsu, que cura ferimentos, dependendo da profundidade do ferimento. É usado por ninjas médicos, como Tsunade, Shizune, Sakura, Ino, Hinata, e alguns outros shinobis. É muito útil, e tem cor verde-claro.
Chakra do clã Hatake
Quando Kakashi usa sua espada (tanto), corre um chakra branco na lâmina, que é hereditário do clã Hatake.
Chakra Eremita
